Klinikę Chirurgii Onkologicznej, stworzył i kierował nią do roku 1972 profesor Tadeusz Koszarowski. Od roku 1972 do chwili otwarcia Centrum Onkologii na Ursynowie w roku 1995 Kierownikiem Kliniki był profesor Andrzej Kułakowski. Klinika była od chwili powstania wiodącym ośrodkiem chirurgii onkologicznej w Polsce. Wiele nowych metod leczenia nowotworów zostało po raz pierwszy zastosowanych w naszym kraju właśnie w Klinice przy ul. Wawelskiej. Była również zawsze ośrodkiem kształcącym onkologów z całego kraju. Wielu wybitnych specjalistów, działających nie tylko w Warszawie, albo pracowało w Klinice, albo odbywało w niej staże. W latach 1995-2004 Oddziałem Chirurgicznym kierował dr med. Paweł Kukawski. Obecnie od stycznia roku 2005 kierownikiem Oddziału jest dr med. Andrzej Cichocki. Obecnie cały budynek przy Wawelskiej jest poddawany gruntownej modernizacji, jest przebudowywany i wyposażany w nowy sprzęt tak, aby utrzymać wysoki poziom leczenia chorych na nowotwory przyjeżdżających tu z całego kraju.

W Oddziale Chirurgii w ciągu roku wykonuje się ok. 1300 zabiegów operacyjnych. W skład zespołu wchodzi 9 chirurgów, specjalistów chirurgii onkologicznej. Główne kierunki zainteresowania to chirurgia raka piersi, chirurgia endokrynologiczna, nowotwory układu pokarmowego a także inne nowotwory. W ciągu ostatnich lat Oddział Chirurgii stał się jedną z głównych placówek w Warszawie w zakresie leczenia nowotworów trzustki i guzów nadnerczy. We współpracy z ośrodkami endokrynologicznymi z całego kraju prowadzone jest leczenie i badania guzów neuroendokrynnych układu pokarmowego. Pracownicy Oddziału biorą udział w pracach zespołów ekspertów przygotowujących rekomendacje leczenia różnych nowotworów.