Klinika Onkologiczna mieści się w historycznym budynku klinicznym Instytutu Radowego przy ul. Wawelskiej 15. Powstała w okresie tworzenia klinik narządowych na Ursynowie, do których przeszła niemal cała kadra pracująca w ówczesnych placówkach leczniczych dawnego Instytutu – z wyjątkiem zespołu Zakładu Radioterapii, który kontynuował działalność w dawnej siedzibie. Oprócz Zakładu Teleradioterapii, który mieści się w bocznym budynku na parterze, w skład Kliniki wchodzą: Oddział Chirurgii (na I piętrze), Oddziały Radioterapii i Chemioterapii (zajmujące II piętro), Oddział Ginekologii Onkologicznej (ulokowany na III piętrze) i Przychodnia Onkologiczna. Poza strukturą Kliniki mieszczą się przy Wawelskiej: radiodiagnostyka, patologia i ultrasonografi a. W sumie jednostki Kliniki posiadają 85 łóżek, na których hospitalizowano w 2006 roku ponad 3 700 chorych. Wykonano ponad 1 600 operacji, w tym ponad 1 100 dużych. W Przychodni udzielono ponad 43 500 porad.