W Pracowni realizowane są badania własne oraz zadania z zakresu wspomagania prac innych zespołów Centrum Onkologii (planowanie analiz oraz opracowanie bioinformatyczne i biostatystyczne wyników badań). Pracownia powstała w 2009 r. i zatrudnia badaczy z doświadczeniem w zakresie prowadzenia analiz komputerowych w biologii molekularnej, genetyce oraz biostatystyce i analizie danych medycznych.

Kierunki badań

  • Modelowanie struktury białek o nieopisanej funkcji molekularnej.
  • Analiza sekwencji promotorów genów ludzkich.
  • Badanie wpływu mutacji w wewnętrznie nieuporządkowanych regionach białek na patogenezę chorób.
  • Opracowanie metod predykcji oddziaływania białko-białko na podstawie właściwości biofizycznych.
  • Stworzenie testu skriningowego na obecność onkogennych typów wirusów HPV opartego o technologię LNA.
  • Rozwój algorytmów analizy wyników eksperymentów mikromacierzowych (macierze ekspresyjne) oraz proteomicznych (wyniki analiz z wykorzystaniem spektroskopii mas).
  • Opracowanie nowych algorytmów analizy funkcjonalnej danych proteomicznych i transkryptomowych.
  • Udział w tworzeniu oprogramowania bioinformatycznego.

Projekty badawcze

“Projekt NUPDB ‑ Badanie wpływu mutacji w wewnętrznie nieuporządkowanych regionach białek na patogenezę chorób” Lucjan Wyrwicz, Narodowe Centrum Nauki, program Harmonia 2012/06/M/NZ2/00112, 2013-2016

“Test skriningowy na obecność onkogennych typów wirusów HPV oparty o technologię LNA ‑ nowe narzędzie w profilaktyce i wczesnym wykrywaniu raka szyjki macicy” Narodowe Centrum Badań i Rozwoju, program INNOTECH INNOTECH-K1/IN1/52/159417/NCBR/12, 2012-2014

“Badanie zależności struktura-funkcja czynników transkrypcyjnych z rodziny HOX/TALE” Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego, Lucjan Wyrwicz, Fundacja na Rzecz Nauki Polskiej, program Iuventus Plus IP2010048370, 2011

“Identyfikacja i charakteryzacja strukturalna nowych potencjalnych celów dla ukierunkowanej terapii nowotworów z wykorzystaniem bioinformatyki” Katarzyna Kokoszyńska, Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego NN518331736, 2009-2011;

“Rozwój metod identyfikacji polimorfizmów genetycznych zaangażowanych w patogenezę chorób złożonych” Lucjan Wyrwicz, Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego, N401 050 32/1181, 2007-2009;

“Bioinformatyczny system diagnostyczno-ekspercki w zastosowaniach wspomagania leczenia onkologicznego” Kondrad Wojdan, Program Operacyjny Innowacyjna Gospodarka, POIG.01.04.00-14-001/10-00, 2011-2012;

“Modelowanie różnicowe dla potrzeb badań marketingowych i biomedycznych” Szymon Jaroszewicz, Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego, N N516414938, 2010-2012.

Współpraca naukowa

Zespół Pracowni współpracuje również z licznymi placówkami w kraju i zagranicą (m.in. z Pomorskim Uniwersytetem Medycznym w Szczecinie; Transition Technologies w Warszawie; Meditest. NZOZ Diagnostyka Medyczna w Szczecinie; Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI) Uniwersytet w Lyonie; Nijmegen Centre for Molecular Life Sciences Uniwersytet im. Radbouda w Nijmegen).